Mã số thuế vẫn “sống” sau khi doanh nghiệp đóng cửa: Cần làm gì để tránh rủi ro?

Hiện nay, nhiều doanh nghiệp, hộ kinh doanh đã ngừng hoạt động nhiều năm nhưng chưa hoàn tất thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế. Theo rà soát, cơ quan Thuế cho hay có gần vào 617.000 doanh nghiệp, gồm khoảng 291.962 doanh nghiệp đã ngừng hoạt động nhưng chưa hoàn tất giải thể (trạng thái 03) và 325.500 doanh nghiệp không hoạt động tại địa chỉ đăng ký, có nợ thuế (trạng thái 06).

Phóng viên Thương hiệu và Pháp luật đã có cuộc trao đổi với Luật sư Nguyễn Văn Tuấn, Giám đốc Công ty Luật TGS xoay quanh vấn đề này.

- Nhiều doanh nghiệp, hộ kinh doanh đã ngừng hoạt động nhiều năm nhưng chưa hoàn tất thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế. Họ có phải tiếp tục thực hiện đầy đủ các nghĩa vụ thuế, lệ phí trong toàn bộ thời gian chưa đóng mã số thuế hay không?

Luật sư Nguyễn Văn Tuấn: Đóng cửa trên thực tế không đồng nghĩa với việc đã kết thúc nghĩa vụ thuế. Đây là một trong những cách hiểu khá đơn giản và phổ biển nhưng tiềm ẩn rủi ro đối với doanh nghiệp, hộ kinh doanh. Pháp luật quản lý thuế không chỉ nhìn vào việc cơ sở còn hoạt động hay không, mà còn căn cứ vào tình trạng pháp lý và việc hoàn tất các nghĩa vụ với cơ quan thuế.

Theo tôi, điểm cần làm rõ ở đây là ngừng hoạt động trên thực tế và chấm dứt hiệu lực mã số thuế là hai vấn đề pháp lý khác nhau. Theo Phụ lục I Thông tư số 90/2026/TT-BTC, trạng thái mã số thuế 03 được xác định là “người nộp thuế ngừng hoạt động nhưng chưa hoàn thành thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế”. Khi mã số thuế vẫn ở trạng thái 03 thì về pháp lý, quá trình khép lại nghĩa vụ thuế vẫn chưa hoàn tất.

Nói cách khác, việc ngừng kinh doanh chỉ chấm dứt hoạt động trên thực tế, còn để chấm dứt quan hệ quản lý thuế, người nộp thuế vẫn phải hoàn thành các hồ sơ, nghĩa vụ và thủ tục cần thiết theo quy định. Đây là ranh giới pháp lý mà doanh nghiệp cần đặc biệt lưu ý, bởi nếu bỏ qua, những nghĩa vụ tưởng như đã kết thúc có thể tiếp tục trở thành vướng mắc về thuế, hóa đơn và hồ sơ pháp lý về sau.

Vì vậy, không thể hiểu đơn giản rằng doanh nghiệp đã đóng cửa nhiều năm thì mọi nghĩa vụ thuế cũng tự động chấm dứt. Người nộp thuế vẫn phải rà soát và xử lý các nghĩa vụ còn tồn tại, như hồ sơ khai thuế chưa hoàn thành, thuế còn phải nộp, tiền chậm nộp, tiền phạt nếu có, hóa đơn và các thủ tục liên quan, trước khi cơ quan thuế xác nhận hoàn thành thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế.

Tuy nhiên, tôi muốn nhấn mạnh một điểm để tránh gây hiểu nhầm: không phải cứ ở trạng thái 03 thì mặc nhiên phát sinh toàn bộ các khoản thuế của một doanh nghiệp đang hoạt động. Nghĩa vụ thuế cụ thể phải căn cứ vào hoạt động thực tế, kỳ tính thuế, hồ sơ khai thuế và các nghĩa vụ còn tồn của từng người nộp thuế.

Rủi ro lớn nhất của việc để trạng thái 03 kéo dài là người kinh doanh tưởng rằng mình đã “đóng cửa” nhưng về pháp lý hồ sơ thuế vẫn chưa được khép lại. Hiện nay, cơ quan thuế còn thực hiện công khai thông tin người nộp thuế ở trạng thái 03 theo quy định mới, càng cho thấy đây không phải là một trạng thái có thể bỏ mặc.

- Trong trường hợp người nộp thuế đã thực sự ngừng kinh doanh, không còn doanh thu, không phát sinh giao dịch nhưng chưa làm thủ tục chấm dứt mã số thuế, cơ quan thuế có cơ sở để truy thu các khoản thuế, lệ phí phát sinh theo trạng thái quản lý trên hệ thống hay phải xác định thực tế có phát sinh nghĩa vụ thuế?

Luật sư Nguyễn Văn Tuấn: Cơ quan thuế không thể chỉ căn cứ vào việc mã số thuế đang ở trạng thái 03 để mặc nhiên truy thu thuế, lệ phí cho toàn bộ thời gian người nộp thuế chưa làm thủ tục chấm dứt mã số thuế.

Đây là điểm cần phân biệt rất rõ. Trạng thái 03 chỉ phản ánh tình trạng quản lý: người nộp thuế đã ngừng hoạt động nhưng chưa hoàn thành thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế; nó không phải là căn cứ độc lập để xác định có phát sinh nghĩa vụ thuế.

Nghĩa vụ thuế phải được xác định trên cơ sở hoạt động thực tế, doanh thu, giao dịch và căn cứ tính thuế của từng thời kỳ. Nếu người nộp thuế chứng minh được đã thực sự ngừng kinh doanh, không còn doanh thu, không phát sinh giao dịch và không có căn cứ tính thuế, thì không thể chỉ dựa trên trạng thái 03 để “ấn” thêm doanh thu và số thuế phải nộp. Tuy nhiên, chưa đóng mã số thuế không đồng nghĩa với đã hoàn thành nghĩa vụ thuế.

Người nộp thuế vẫn phải rà soát, kê khai hoặc quyết toán những nghĩa vụ còn thiếu và xử lý các khoản thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt thực tế phát sinh (nếu có) trước khi được chấm dứt hiệu lực mã số thuế. Trường hợp có căn cứ cho rằng người nộp thuế không khai hoặc khai không đầy đủ, cơ quan thuế có thể ấn định thuế theo các trường hợp quy định tại Điều 24 Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15.

- Một số ý kiến đề xuất chỉ xử phạt hành vi không thông báo ngừng kinh doanh hoặc không thực hiện thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế, thay vì truy thu các khoản thuế trong thời gian doanh nghiệp, hộ kinh doanh không còn hoạt động. Theo luật sư, đề xuất này có hợp lý và phù hợp với nguyên tắc quản lý thuế hiện nay không?

Luật sư Nguyễn Văn Tuấn: Theo tôi, đề xuất này có cơ sở và phù hợp với nguyên tắc quản lý thuế hiện đại, nhưng không thể áp dụng theo một công thức chung cho mọi trường hợp. Điểm mấu chốt là phải phân biệt giữa việc không hoàn tất thủ tục thuế và việc thực tế có phát sinh nghĩa vụ thuế nhưng không kê khai, không nộp.

Trường hợp doanh nghiệp, hộ kinh doanh đã thực sự chấm dứt hoạt động, không còn doanh thu, không phát sinh giao dịch và không có căn cứ tính thuế, thì việc không thông báo ngừng kinh doanh hoặc chưa hoàn tất thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế về bản chất là vi phạm nghĩa vụ thủ tục. Khi đó, việc xử lý nên tập trung vào hành vi không thực hiện thủ tục theo quy định, thay vì mặc nhiên coi toàn bộ thời gian mã số thuế chưa đóng là thời gian có hoạt động kinh doanh và phát sinh thuế.

Ngược lại, nếu qua dữ liệu quản lý, cơ quan thuế xác định người nộp thuế vẫn có doanh thu, giao dịch hoặc căn cứ tính thuế nhưng không kê khai hoặc kê khai không đầy đủ, thì việc truy thu thuế là cần thiết và có cơ sở pháp lý; đồng thời, tùy tính chất, mức độ, người nộp thuế còn có thể phải chịu tiền chậm nộp và các chế tài xử phạt tương ứng.

Tôi cho rằng không nên lấy trạng thái mã số thuế để thay thế cho căn cứ xác định nghĩa vụ thuế. Trạng thái mã số thuế là công cụ quản lý; còn nghĩa vụ thuế phải được xác định từ hoạt động kinh doanh thực tế, doanh thu, giao dịch và căn cứ tính thuế.

Về lâu dài, tôi cho rằng chính sách nên hướng tới phân loại rủi ro và xử lý đúng bản chất vi phạm: người thực sự không còn kinh doanh thì tạo cơ chế đơn giản để họ hoàn tất thủ tục và đóng mã số thuế; người vẫn kinh doanh nhưng cố tình không kê khai thì phải xử lý nghiêm. Quản lý thuế hiệu quả không phải là thu bằng mọi cách, mà là thu đúng đối tượng, đúng nghĩa vụ và đúng căn cứ pháp luật.

- Nếu áp dụng cách xử lý theo hướng phân biệt rõ vi phạm thủ tục hành chính với nghĩa vụ thuế thực tế, theo luật sư cần căn cứ vào những hồ sơ, dữ liệu nào để chứng minh một doanh nghiệp hoặc hộ kinh doanh đã thực sự ngừng hoạt động và không phát sinh doanh thu?

Luật sư Nguyễn Văn Tuấn: Để xác định một doanh nghiệp, hộ kinh doanh thực sự đã ngừng hoạt động và không phát sinh doanh thu, không thể chỉ căn cứ vào việc người nộp thuế tự khai “đã nghỉ kinh doanh”, cũng không thể chỉ nhìn vào trạng thái mã số thuế trên hệ thống. Phải xác định bằng một chuỗi dữ liệu có khả năng kiểm chứng và đối chiếu lẫn nhau.

Trước hết, cần xác định thời điểm thực tế chấm dứt hoạt động. Các tài liệu như thông báo ngừng kinh doanh, hồ sơ đăng ký doanh nghiệp/hộ kinh doanh, hợp đồng thuê mặt bằng đã thanh lý, hồ sơ lao động, điện, nước, hợp đồng với nhà cung cấp... có thể là những căn cứ để xác định hoạt động kinh doanh thực tế đã dừng từ thời điểm nào.

Quan trọng hơn là phải đối chiếu dữ liệu tài chính và giao dịch. Cần rà soát sao kê các tài khoản ngân hàng liên quan đến hoạt động kinh doanh, tài khoản nhận thanh toán, ví điện tử, cổng thanh toán, dữ liệu từ sàn thương mại điện tử, đơn vị vận chuyển, cùng với dữ liệu hóa đơn điện tử. Nếu sau thời điểm xác định ngừng kinh doanh không còn đơn hàng, hóa đơn, khoản thu từ khách hàng hoặc dòng tiền mang bản chất doanh thu thì đây là những chứng cứ có giá trị rất lớn để chứng minh không phát sinh doanh thu.

Bên cạnh đó phải đối chiếu với hồ sơ khai thuế, quyết toán thuế, sổ sách kế toán, công nợ phải thu - phải trả và hàng tồn kho. Một hồ sơ chứng minh tốt không phải là một tài liệu riêng lẻ, mà là sự thống nhất giữa nhiều nguồn dữ liệu: không có giao dịch thì không có doanh thu; không có doanh thu thì dữ liệu hóa đơn và dòng tiền cũng phải tương ứng. Đây cũng là điểm rất quan trọng trong cơ chế quản lý thuế hiện nay.

- Ông khuyến nghị gì đối với những doanh nghiệp, hộ kinh doanh đã ngừng hoạt động từ lâu nhưng mã số thuế vẫn còn trạng thái hoạt động để tránh phát sinh các khoản phạt, truy thu hoặc vướng mắc khi muốn chấm dứt mã số thuế?

Luật sư Nguyễn Văn Tuấn: Với những doanh nghiệp, hộ kinh doanh đã ngừng hoạt động từ lâu nhưng mã số thuế vẫn còn trạng thái hoạt động, không nên chờ đến khi cơ quan thuế rà soát mới xử lý. Đây là thời điểm cần chủ động “đóng” lại, bởi ngừng kinh doanh trên thực tế chỉ là một sự kiện thực tế; chấm dứt mã số thuế mới là bước hoàn tất về mặt quản lý thuế.

Việc đầu tiên người nộp thuế cần làm là xác định chính xác thời điểm thực tế chấm dứt hoạt động, sau đó rà soát toàn bộ hồ sơ kể từ thời điểm này: tờ khai, quyết toán thuế, hóa đơn điện tử, tình trạng nợ thuế, tiền chậm nộp, tài khoản ngân hàng, doanh thu và các giao dịch còn phát sinh. Nếu khẳng định đã ngừng kinh doanh và không phát sinh doanh thu, cần tập hợp các tài liệu chứng minh như hồ sơ ngừng hoạt động, thanh lý địa điểm kinh doanh, chấm dứt hợp đồng, sao kê tài khoản, dữ liệu hóa đơn và các chứng từ liên quan.

Điểm quan trọng nhất là phải phân định được hai vấn đề: nghĩa vụ thuế thực tế và nghĩa vụ thủ tục. Mã số thuế còn hoạt động không phải tự thân là căn cứ để xác định người nộp thuế có doanh thu trong toàn bộ thời gian đó. Nhưng ngược lại, người nộp thuế cũng không thể chỉ nói “tôi đã nghỉ kinh doanh” mà bỏ qua các hồ sơ, nghĩa vụ chưa hoàn tất. Nếu cơ quan thuế phát hiện có doanh thu hoặc căn cứ tính thuế thực tế chưa được kê khai, người nộp thuế phải chịu trách nhiệm về phần nghĩa vụ đó; còn nếu thực tế không phát sinh doanh thu thì phải có dữ liệu và hồ sơ đủ sức chứng minh.

Đặc biệt, trong bối cảnh hiện nay, cách tiếp cận “để đó rồi tính sau” là rất rủi ro. Theo điểm a khoản 2 Điều 38 Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15, cơ quan thuế có quyền yêu cầu thông tin về tài khoản ngân hàng, tài chính và các tài liệu liên quan đến nghĩa vụ thuế, đồng thời sử dụng dữ liệu từ nhiều nguồn để phục vụ quản lý. Vì vậy, khi dữ liệu hóa đơn, ngân hàng, thương mại điện tử và các nguồn dữ liệu khác ngày càng được đối chiếu, việc một mã số thuế tồn tại nhiều năm có thể kéo theo yêu cầu giải trình về toàn bộ lịch sử hoạt động và nghĩa vụ thuế.

Tôi muốn nhấn mạnh rằng, làm sạch dữ liệu thuế không chỉ là trách nhiệm của cơ quan quản lý mà cũng là cơ hội để người nộp thuế “làm sạch” chính hồ sơ pháp lý “đã ngủ quên” của mình. Đối với một hoạt động kinh doanh đã thực sự kết thúc, việc chủ động hoàn tất nghĩa vụ và chấm dứt mã số thuế không chỉ giúp tránh rủi ro bị truy vấn, xử phạt về sau, mà còn chính thức khép lại trách nhiệm pháp lý của chủ thể đối với hoạt động kinh doanh đó.

Xin cảm ơn ông!

Hoài Lam thực hiện